这一部电影讲述的是主角是个小女孩，被大人当作小白鼠实验，而且被关着的还有一群孩子，主角成长为一个8岁的魔女的故事。实验室把培养他们成学习第一，能力第一，速度第一的绝世天才后，实验室觉得控制不了他们了，就想着赶尽杀绝。
在此期之前，魔女就想方设法逃出去。然后过正常人的生活，再找一家不会嫌弃他的家人。在这个时期就魔女和她哥哥还活着，她哥哥投入敌方的工作下生活，魔女逃到她自己已经寻找过的这户夫妻下生活。
就在这里无忧无虑的生活了十年，十年后，魔女得知自己的生命快要走到尽头了，唯一救命的就需要亲人的骨髓移植手术，为了活着寻找自己的亲生家人，而不得不去主动的设计寻找曾经要杀光孩子那个博士，让这个博士主动来抓她。
最后计划实施成功了。而后去找到博士，见到双胞姐妹的妹妹，让她告诉魔女，自己的亲人在哪里？ 最后关头出现的女应该是魔女的亲人，因为她魔女想要活着，需要骨髓移植。还有那个女的脸都坏了，说明她跟魔女一样的人，因为前面博士在杀魔女的时候说过他们是要把头弄没了才算是死亡。